V obecné rovině se návrh jeví nesystémovým. Vedle nouzového stavu, obsaženého v ústavním zákoně o bezpečnosti a v krizovém zákoně, a stavu nebezpečí, obsaženého ve Sněmovnou projednávané novele uvedených předpisů, návrh zakotvuje nový zvláštní stav, tzv. stav pandemické pohotovosti. Ta není vymezena věcně ve vztahu k epidemické situaci, ale pouze formálně – počíná okamžikem nabytí účinnosti zákona a trvá až do okamžiku jejího zrušení Sněmovnou nebo do okamžiku pozbytí účinnosti zákona.
Za stavu pandemické pohotovosti se Ministerstvo zdravotnictví zmocňuje k vydávání mimořádných opatření, která jsou rozšířením a upřesněním mimořádných opatření, která lze již dnes, i mimo nouzový stav, vydávat na základě zákona o ochraně veřejného zdraví (ZOVZ).
Spektrum opatření obsažených v ZOVZ je již dnes poměrně široké a jejich rozšířením prostřednictvím pandemického zákona získává ministerstvo pravomoci obdobně široké, jaké má vláda na základě nouzového stavu, resp. ústavního zákona o bezpečnosti a krizového zákona.
Oproti bezpečnostnímu a krizovému zákonu je však pandemický zákon oslaben v několika podstatných prvcích:
pandemický zákon nemá sílu ústavního zákona, což v důsledku může vést k přísnějšímu soudnímu přezkumu jednotlivých opatření. Přitom je na jeho základě možné udělovat řadu pokut v případech, kdy to krizový zákon neumožňuje (obsahuje totiž mezeru, kdy nelze postihovat podnikající fyzické a právnické osoby). Zpřísnění pokut přitom dříve Senát odmítl.
je omezena kontrolní pravomoc Poslanecké sněmovny. Zatímco prodloužení nouzového stavu musí Sněmovna vždy po předem dané době schválit, hlasování o trvání stavu pandemické pohotovosti je nutno vyvolat návrhem alespoň 1/5 poslanců.
zákon obsahuje mezeru – záměrem zákonodárce nejspíše bylo ustanovit, že mimořádná opatření dle pandemického zákona jsou platná pouze tehdy, trvá-li stav pandemické pohotovosti. Příslušné ustanovení zákon nicméně neobsahuje a opatření tak zůstávají v platnosti, i pokud Sněmovna rozhodne o konci stavu pandemické pohotovosti. Tento nedostatek lze sice překlenout výkladem, vzhledem k tendenčnímu přístupu vlády k ústavnímu pořádku však na toto nelze spoléhat. Uvedená mezera je zásadním nedostatkem zákona (edit: opravno Senátem).
je omezena náhrada škod způsobených opatřeními. Oproti krizovému zákonu nemá stát hradit ušlý zisk, pouze skutečnou škodu. Výklad rozsahu skutečné škody přitom není jednoznačný – podle některých názorů (např. Petr Bezouška, LRV) nemusí zahrnovat náhradu marně vynaložených nákladů (nájem, mzdy apod.). Dosavadní trend judikatury NS směřuje spíše opačně, tedy k uznání marně vynaložených nákladů za skutečnou škodu. Kvůli interpretačním problémům se nicméně nabízí možnost ustanovení upřesnit. Připomínky se objevují i k obtížnosti prokazování příčinné souvislosti vzniklé škody s mimořádným opatřením.
Podstatnou odlišností pandemického zákona oproti zákonu krizovému je i možnost soudního přezkumu. Krizová opatření vydávaná na základě krizového zákona mají povahu tzv. jiného právního předpisu a může je tedy na návrh skupiny poslanců nebo senátorů přímo přezkoumat a případně zrušit Ústavní soud. Mimořádná opatření na základě pandemického zákona jsou však opatřením obecné povahy a Ústavní soud k jejich přezkumu nemá pravomoc. Skupina poslanců nebo senátorů tedy nebude moci navrhovat Ústavnímu soudu zrušení jednotlivých mimořádných opatření. Přezkumu opatření obecné povahy se naopak může domáhat každý, kdo jím byl dotčen na svých právech. Běžně by to bylo u příslušného krajského soudu, pandemický zákon stanoví speciální příslušnost Nejvyššího správního soudu. Návrh na přezkum lze podat pouze do 1 měsíce ode dne, kdy návrhem napadené opatření obecné povahy nabylo účinnosti – navrhujeme tuto lhůtu prodloužit. Návrh jen částečně řeší problém, kdy Ministerstvo po zahájení řízení u soudu vydá opatření znovu, jen minimálně pozměněné.
Opatření s regionální působností vydávaná krajskými hygienickými stanicemi nepodléhají souhlasu vlády (edit: opraveno Senátem), nejsou vázána na trvání pandemického stavu a příslušný k přezkumu je krajský, nikoli Nejvyšší správní soud.
